Plynová chromatografie často běží 24 hodin kvůli nutnosti nepřetržité výroby. Je obtížné mít příležitost systematicky čistit a udržovat nástroj. Jakmile se naskytne vhodná příležitost, je nutné klíčové součásti nástroje důkladně vyčistit a udržovat v maximální možné míře podle aktuální situace.