Gaasikromatograafia kestab sageli 24 tundi pideva tootmise vajaduse tõttu. Instrumendi süstemaatilise puhastamise ja hooldamise võimalust on keeruline. Sobiva võimaluse korral on vaja instrumendi võtmekomponente põhjalikult puhastada ja hooldada nii palju kui võimalik vastavalt tegelikule olukorrale.