निरंतर उत्पादन की आवश्यकता के कारण गैस क्रोमैटोग्राफी अक्सर 24 घंटे चलती है। उपकरण को व्यवस्थित रूप से साफ करने और बनाए रखने का अवसर मिलना कठिन है। एक बार उपयुक्त अवसर मिलने पर, वास्तविक के अनुसार यथासंभव उपकरण के प्रमुख घटकों को पूरी तरह से साफ करना और बनाए रखना आवश्यक है।