Gāzu hromatogrāfija bieži darbojas 24 stundas, jo ir nepieciešama nepārtraukta ražošana. Ir grūti nodrošināt iespēju sistemātiski tīrīt un uzturēt instrumentu. Tiklīdz ir piemērota iespēja, ir rūpīgi jāiztīra un jāuztur instrumenta galvenās sastāvdaļas, cik vien iespējams atbilstoši faktiskajai.