Kromatografi gas selalunya berjalan 24 jam kerana keperluan untuk pengeluaran berterusan. Sukar untuk mempunyai peluang untuk membersihkan dan menyelenggara instrumen secara sistematik. Apabila terdapat peluang yang sesuai, adalah perlu untuk membersihkan dan menyelenggara komponen utama instrumen dengan teliti sebanyak mungkin mengikut keadaan sebenar.